W dniu 1 września 1939 roku uczniowie zwozili obrabiarki ze stacji kolejowej. Około godz. 14.00 nastąpił pierwszy nalot bombowy kilkunastu samolotów niemieckich. Po wykonaniu najpilniejszych prac porządkowych uczniowie udali się do domów. Kilka dni później, 7 września rozpoczęła się okupacja Dębicy przez wojska niemieckie. Przez cały ten okres budynek szkolny był miejscem walki z władzami niemieckimi. Młodzież zdobywała zawód, a z drugiej strony szkoła chroniła ją przed wywozem do Niemiec, do fabryk zbrojeniowych. Działalność szkoły w okresie okupacji była ograniczona. Po udostępnieniu przez hitlerowców pomieszczeń szkolnych do użytku publicznego, nowy dyrektor Leon Grabowiecki czyni starania u władz niemieckich w sprawie zezwolenia na otwarcie Szkoły Mechanicznej. Zezwolenie otrzymano pod koniec października, lecz nie pozwolono na otwarcie Gimnazjum Mechanicznego, a także na nauczanie religii, języka polskiego, historii i geografii. Szkole nadano nazwę 3-letniej Publicznej Szkoły Rzemieślniczej dla Przemysłu Metalowego w Dębicy. W roku szkolnym 1939-1940 uczęszczało 160 uczniów. Od 1941 roku dyrektorem został prof. dr inż. Michał Affanasowicz. Działalność tej placówki oświatowej bacznie obserwowały władze niemieckie. Szkoła miała dwóch niemieckich „opiekunów” w „cywilu”, którzy przebywali na terenie obiektu. Warsztaty szkolne zmuszone były przyjmować zamówienia od wojska niemieckiego. Podczas ich realizacji instruktorzy i zaufani uczniowie brali udział w akcjach dywersyjnych polegających m.in. na świadomym, wadliwym montażu samochodów, które wysyłane były na front. Władze niemieckie zażądały od nauczycieli deklaracji lojalności. Pomimo tego nauczyciele realizując program nauczania nie stosowali się do programu urzędowego, a młodzież oprócz świadectw niemiecko-polskich ukończenia danej klasy, otrzymała zaświadczenia ukończenia odpowiedniej klasy Gimnazjum Mechanicznego. W lutym 1944 na polecenie władz niemieckich warsztaty wraz z całym dobytkiem przeniesiono do filii w Ropczycach. Okupacja zaznaczyła się boleśnie w historii szkoły. Z rąk niemieckiego okupanta zginęło trzech pracowników warsztatów szkolnych: mgr inż. Józef Stefan Baranowski, instr. Józef Kula i Antoni Ciecieręga. Śmierć poniosło także kilku uczniów: Aleksander Augustynowicz, Roman Banek, Jerzy Bogucki, Adam Ciurkot, Aleksander Jędrzejczyk, Bronisław Longosz, Mieczysław Michalik, Antoni Pocica, Kazimierz Skwira, Stanisław Sujdak, Stefan Wąchała. 26 sierpnia 1944 roku wojska sowieckie zajęty Dębicę oraz budynek szkoły. Kiedy front ruszył na zachód, wojska te zwolniły zajmowaną placówkę oświatową w połowie lutego 1945. Pomieszczenia szkolne były zdewastowane. Brak było wszystkich drzwi i okien, ławek, pomocy naukowych, narzędzi i obrabiarek. Uczniowie przystąpili do prac porządkowych w salach i w otoczeniu szkoły. Pomimo ciężkich warunków nauka rozpoczęła się w pierwszych dniach kwietnia. Młodzież siedziała w klasach na kamieniach lub cegłach, a kolana zastępowały pulpity stolików. Sale lekcyjne i pomieszczenia warsztatów były nieogrzewane. Naukę rozpoczęło ponad 100 uczniów, a dyrektorem był wówczas inź. Alfred Janiszewski. Rozpoczął on starania, aby odzyskać przewieziony do Ropczyc sprzęt, ale zabiegi jego nie przyniosły rezultatu. Zaczęto starać się o wszystko od nowa. Po zniszczeniach wojennych Dębica nie posiadała własnej elektrowni, toteż zainstalowane w szkolnych warsztatach obrabiarki napędzane były siłą mięśni ręcznych uczniów. Dopiero po pół roku zainstalowano mały, jednocylindrowy silnik spalinowy. Kontynuowano nauczanie z zakresu programu Gimnazjum Mechanicznego, a na przełomie września i października 1945 odbył się egzamin eksternistyczny przed Komisją Państwową. Świadectwo „Małej Matury” otrzymało 30 uczniów. Od 1947 roku funkcję dyrektora sprawował inż. Ludwig Rąpała. W roku szkolnym 1946/47 dzięki staraniom nauczyciela zawodu Władysława Piotrowskiego młodzież doprowadziła do budynku wodę bieżącą, co umożliwiło zainstalowanie centralnego ogrzewania. Szkoła nosiła wówczas nazwę: Prywatne Gimnazjum Mechaniczne w Dębicy. Nauczyciele byli utrzymywani ze składek uczniowskich - czesnego. Utrzymywanie szkoły okazało się za wielkim ciężarem dla społeczeństwa, w dobie powszechnego uspołecznienia i upowszechnienia system szkoły prywatnej nie miał już racji bytu, ani szans istnienia. Toteż 1 stycznia 1949 roku upaństwowiono szkołę i w ten sposób powstało Państwowe Gimnazjum i Liceum Mechaniczne.
Od początku szkoła odczuwała dotkliwy brak jakichkolwiek urządzeń i obiektów sportowych. W 1948 roku przystąpiono wreszcie do budowy stadionu sportowego. Wszystkie prace, także fachowe zostały wykonane przez młodzież. W maju 1964 okazały obiekt sportowy mieszczący boisko do piłki nożnej wraz z trybuną, kort tenisowy i bieżnię lekkoatletyczną, został uroczyście otwarty. W roku 1949 rozpoczęto budowę kotłowni dla lepszego ogrzania kompleksu szkolnego oraz warsztatów. Warto podkreślić aktywny udział uczniów w życiu szkoły, a także ich sukcesy. Dla przykładu w 1949 uczniowie pod kierunkiem Jana Henryka Kujbidy (Kuźniarskiego) założyli spółdzielnię, w której można było dostać artykuły żywnościowe, przybory szkolne i podręczniki. Przy szkole zorganizowano amatorskie kółko teatralne prowadzone przez prof. Kamila Jadernego. Zespół teatralny wystawiał sztuki na terenie szkoły, miasta Dębicy, a także w Pilźnie, Rzeszowie, Tarnowie i wielu innych miejscach. Uczniowie stworzyli pierwszy w Dębicy zespół orkiestry dętej prowadzonej od początku przez zasłużonego nauczyciela muzyki Stanisława Pierzchałę. W 1949 owa grupa muzyczna zajęta drugie miejsce na festiwalu muzycznym w Dębicy. Orkiestra brała udział w licznych występach na terenie miasta obsługując wszystkie odbywające się uroczystości.